Los sucesos de este equipo se cortaron de forma precipitada en 1936, año en el que estalló la Guerra Civil Española. Este acontecimiento obligó a suspender el campeonato de Liga durante tres temporadas.
El campeonato de Liga se reanudó en la temporada 1939-40, y el Athletic se vio obligado a rehacer el equipo casi en su totalidad, ya que solo pudo contar con siete de los jugadores que formaban parte de la plantilla anterior a la guerra: Oceja, Zabala, Gorostiza, Elices, Urra, Gárate y Unamuno. El resto, habían emigrado de España o fichado por otros equipos; Blasco y Cilaurren ficharon por el River Plate argentino, y Zubieta e Iraragorri se fueron al San Lorenzo de Almagro.